与核酸内切酶相对应。可大致分为水解磷酸二酯键的3′端生成5′-单核苷酸的酶,及水解5′端生成3′-单核苷酸的酶。前者有蛇毒磷酸二酯酶及大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ等;后者有脾脏磷酸二酯酶、嗜酸乳杆菌(Lac-tobacillus acidophilus)核酸酶。
这些酶中还可以区别出从分子链的3′末端或5′末端开始切断和对单链DNA或双链DNA具有特异作用的酶。可利用这些酶水解方式的差异来分析核酸结构。
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