目前,福建神学院共有两个校区:老校区地址为:福州市仓山区乐群路16号新校区(在建中)地址为:福州市仓山区福湾路盖山镇黎升村新校区建设工程(计划)包括教学楼、图书馆、学生宿舍、专家楼和崇拜厅等。2007年2月福州市政府以划拨价供应一块23.29亩的土地,用于新院建设。2007年5月省发改委已批准新校区建设项目立项;同年8月,福州市城市规划局也颁发了"建设用地规划许可证。"
教务处紧紧围绕着办学方针,依据全国基督教神学教育委员会的办学精神制定教学计划,进行课程设置。圣经神学课程占70%,社会学科占30%。圣经神学课程以《圣经》专卷注释、神学课程为主,社会学科则开设文学、哲学、政治、英语、音乐、钢琴、计算机等课程。目前三年的课程设置以第一学年侧重基础,包括文化基础、圣经基础、神学基础;第二学年侧重提高,增加圣经专卷研究、神学研究、教牧讲道学研究等;第三学年侧重实践和开拓,在原有圣经、神学基础上,进一步细化,增加实践神学和教会事工的内容,使得即将毕业的学生能尽快地适应教会工作,并进一步增加一些文化课程以提高学生文化素养,开阔视野,顺应时代的需要。开设基督教专业、文史哲等80余门课程,其中设有《基督教与中国文化》、《福建教会史》和《社关服侍》等特色课程。
2011年在读的神学生有119位学生。迄今,学院已为全省基层教会输送教牧人员1137人。年轻一代的毕业生在八闽各地教会牧养,广传福音。有的已经被按立为牧师,有的已成为当地教会的领导同工,有的已当选为省、市、县区各级人民代表、政协委员。
学院在1983年办学之初仅有3位专职教师,师资力量严重缺乏,因此院领导特别注重师资队伍的培养。如今已拥有一批神学造诣深、教学经验丰富的教师队伍:专职教师14人,外聘兼职教师9人。专职教师(由于宗教院校还没有统一的职称评定办法,所以没有职称),其中博士1人、硕士7人、学士6人;执教15年以上的有3人,10年以上的有4人,5年以上的有4人,2年以上的有3人。兼职教师中,有博士3人、学士6人;有教授1人、副教授2人、讲师2人、高级教师2人;执教15年以上的有3人、10年以上的有1人、5年以上的有5人。
院领导还注重专职教师的提高,有计划地通过全国基督教两会选派教师出国进行长、短期深造学习,有5人分别从美国、新加坡、香港留学归来,取得博士、硕士学位,还有1人前往芬兰参加短期培训,这些新生力量的注入,使学院充满生机和活力。学院鼓励教师进行神学研究,撰写神学论文,积极参加全国及省两会举办的神学思想研讨会。多篇神学论文被收入全国和省两会的神学论文专集中。专职教师中还有多位教师有自己的专着:郑玉桂院长着有《郑玉桂文集》、林志华副院长有《最妙的道》和《敬拜上帝》、岳清华博士有《犹太民俗》。还有些教师的文章在福建省民族宗教事务厅主办的《福建宗教》和基督教全国性刊物《神学志》、《天风》发表。
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