人物
人物经历
在华山论剑之前，黄药师曾上终南山拜访王重阳，王重阳告知打赌输于林朝英一事，黄药师识破林朝英的掌心暗藏化石丹。
《九阴真经》出现在江湖之后，引起各路武林人士争夺。最终当世武功最强的五个人—王重阳、黄药师、欧阳锋、段智兴、洪七公决定在华山论剑，谁夺得“武功天下第一”的称号则《九阴真经》归谁。经过七天七夜的比试，王重阳独魅群雄，获得了《九阴真经》，但黄药师也得到五绝之一“东邪”的称号。
而后黄药师娶冯衡为妻，先后将曲灵风、陈玄风、梅超风、陆乘风、武眠风、冯默风收归门下为徒。
王重阳逝世前交代其师弟“老顽童”周伯通将经书上下卷分开藏匿，周伯通在运送《九阴真经》下卷至藏匿地点的途中遇到黄药师与其新婚妻子冯衡，冯衡凭借其过目不忘的记忆力欺骗老顽童真经为假，周伯通一怒之下毁去经书，而后冯衡默写出《九阴真经》下卷交予黄药师。
因黄药师只有下卷经书，自负可以从下卷中自创上卷内功基础，因而发誓若不练成经中所载武功，便不离桃花岛一步。
黄药师的两个徒弟陈玄风、梅超风互生爱慕，恐黄药师性格怪癖不予应允，决定窃取了师父的《九阴真经》下卷之后逃走。黄药师后来得知，一怒之下挑断了其余四个徒弟的腿筋，全部逐出师门。
冯衡为了安慰黄药师，再想把经文默写出来。但因不懂含义多半忘记，因而苦思几日几夜写下了七八千字而导致流产生下黄蓉，自己因此逝世。
日后周伯通得知其受骗于黄药师二人，为防上册经书被盗，于是携带《九阴真经》上卷经书前往黄药师居所桃花岛追讨经文，其时冯衡已死，黄药师又因周伯通言语相激，与之展开激烈交战，打断周伯通双脚，从此把周伯通困在桃花岛上十五年。多年之后发现黄蓉为周伯通送酒及食物，因而责骂她，黄蓉和父亲赌气从而由浙江一路北上。
黄药师为了找寻女儿打破誓言离开桃花岛，在太湖归云庄发现了黄蓉、郭靖及为救杨康而来的梅超风。随后黄药师将陆乘风重收门下，授予“旋风扫叶腿法”以便恢复行走，并准许其传授桃花岛武功给陆冠英。并得知武眠风已死，黄药师吩咐梅超风找寻《九阴真经》和将其他弟子及家属带至归云庄。黄药师因觉得郭靖是洪七公的弟子并打败了自己徒弟而觉得气愤，并出手攻击郭靖，但因黄蓉跳入太湖之中要挟而作罢。
在郭靖和欧阳克来桃花岛上向黄蓉求婚，黄药师出了三道题目，郭靖经“北丐”洪七公和周伯通协助下赢得黄蓉。
在临安府牛家村，黄药师从沙通天、彭连虎、杨康等人手中救下了陆冠英、程瑶迦、傻姑。虽然饶过沙通天等人性命但逼迫他们从自己胯下钻过。因之前听到尹志平对桃花岛出言不逊，便出手教训他，尹志平却宁死不屈，反而辱骂黄药师，黄药师因此欣赏他的傲骨，放他而去。随后为互相只认识了先后两天的徒孙陆冠英和程瑶迦主婚。
后来全真七子被裘千丈所骗误以为周伯通被黄药师所杀，因而在牛家村内与黄药师展开激烈交战，黄药师功夫着实了得，在“全真七子”的最大绝学“天罡北斗阵”之下，仍然能凭“落英神剑掌”等高超武功以一敌七维持平手局面。但欧阳锋突然出手所致谭处端和梅超风被杀死，黄药师也被欧阳锋嫁祸于身。后来江南七怪赶到，黄药师决心为梅超风报了杀夫之仇而准备杀死江南七怪，但因郭靖、黄蓉出现而作罢，并为受伤的郭靖治好了伤。随后得知了傻姑正是曲灵风之女，因而将傻姑收入门下传授武功。
在牛家村外的树林中，黄药师得知郭靖原来在蒙古早有亲事，本欲出手杀死郭靖，但在黄蓉的乞求下而作罢，并感叹黄蓉对郭靖已经爱之入骨，随后飘然而去。
全真派因欧阳锋嫁祸，误将黄药师当作杀害谭处端的凶手，大举上门寻仇，欧阳锋和杨康趁机也来到桃花岛，意欲趁火打劫，但黄药师听从了江南七怪的建议，乘船离开桃花岛，避开全真派，在嘉兴遇见郭靖和丘处机，被急欲寻仇的两人追杀到烟雨楼，再和全真派交战，黄药师看破了全真派天罡北斗阵的弱点，全真派诸人不是黄药师的对手，但郭靖加入天罡北斗阵，黄药师反而难以脱身。
烟雨楼大战里，黄药师听从女儿黄蓉的请求，负责保护江南七怪中唯一幸存的柯镇恶，即使柯镇恶侮辱于他，黄药师也不计较。
烟雨楼大战后，黄药师护送洪七公回桃花岛养伤，一年后洪七公伤势彻底痊愈，黄药师和洪七公便先后离岛，前往华山参与华山论剑。
第二次华山论剑，黄药师三百招内仍无法击倒郭靖，自认落败；后来逆练《九阴真经》的欧阳锋突然出现，黄药师运起“弹指神通”，哪知遭欧阳锋怪异无伦，一口咬住黄药师食指，无奈之下，连黄药师只得默认他“武功天下第一”。
郭靖、黄蓉参与华山论剑之后，由黄药师主持成婚，在桃花岛归隐，黄药师性情怪僻，不喜热闹，与女儿女婿同处数月，不觉厌烦起来，留下一封书信，要另寻清静之地闲居，径自飘然离岛。
经过江南陆家庄时，黄药师使用“弹指神通”压倒性的力量轻松制服“赤练仙子”李莫愁，并破了她的“冰魄银针”，顺道救走了程英，将她收作关门弟子。
后来程英、杨过、陆无双遭遇李莫愁，黄药师便帮助解围。与杨过一见如故，并愿意收杨过为徒，好让杨过与小龙女在一起，杨过却不愿屈服于礼法，使黄药师对其更加另眼相看。后来李莫愁说以多欺少，黄药师不愿与她相争，后来便传授杨过能克制李莫愁武功的“弹指神通”和玉箫剑法后离去。
在郭襄16岁生日之际，运用弹指神通击杀霍都，并与杨过一同来到英雄大会比武台。随后杨过使用“黯然销魂掌”与黄药师一同赶跑潇湘子、尹克西等人，并随后得知世上并无”南海神尼“ 。
蒙古大军围困襄阳、郭襄被金轮法王所抓，黄药师、一灯、周伯通相助郭靖黄蓉守城。黄药师摆下奇门术数二十八宿大阵与蒙古大军周旋，后来杨过赶到击败金轮法王射杀蒙哥，从而解了襄阳之围。
后黄药师与众人准备去华山祭拜洪七公、欧阳锋，恰逢一群庸人争夺天下第一，赶跑他们之后黄药师等人重新确立天下五绝，黄药师仍为“东邪”。
版本差异比较
在第一版中，《九阴真经》原为黄药师“赖以成艺”的武学奇书，自第二版开始已经删改。 第二版中的“落英神剑掌”，在第三版中称为“桃华落英掌”。 在新版的《射雕英雄传》中，加入了黄药师与徒儿的各种新关系。
人物设定人物关系
外貌描写
黄药师形相清癯，身材高瘦，风姿隽爽，萧疏轩举，湛然若神，身穿青衣直缀，头戴同色方巾，文士模样。
武功绝学武功
灵鳌步：低头，双臂内弯，手肘向前，似箭般向敌人胸口撞去。
附骨针：伸手在人身上轻轻一拍，那针便深入肉里，牢牢钉在骨骼的关节之中。针上喂有毒药，药性却是慢慢发作，每日六次，按着血脉运行，叫人遍尝诸般难以言传的剧烈苦痛，一时又不得死，要折磨到一两年后方取人性命。
三招火叉、三招掌法：这六招呆呆板板，并无变化后着，威力全在功劲之上。常人练武，少则数十招，多则变化逾千，招数虽少，却也非同小可，黄药师为傻姑所创。
八卦方位：东邪平日修习上乘内功时所用的姿式。另有数招不知其武功名字的招式，想来是普通易见的招式。招名为：回风拂柳、星河在天。
碧波掌法：桃花岛入门功夫，掌势如波，重重递进，虽然浅近，却已含桃花岛武学的基本道理。
劈空掌：以八片铁片所排成的铁八卦修练，铁片排法疏疏落落，歪斜不称。手需浸醋，如尚未散功而手掌受压，手将毁去。
兰花拂穴手：拇指与食指扣起，余下三指略张，手指如一枝兰花般伸出，姿势美妙已极。兰花拂穴手讲究的是“快、准、奇、清”。指拂处若春兰葳蕤出手优雅，气度闲逸，轻描淡写，行若无事。与落英神剑掌并用，指可化掌，掌可化指。掌来时如落英缤纷，指拂处若春兰葳蕤，招招凌厉，丰姿端丽。
弹指神通：右手中指曲起，扣在拇指之下弹出，也可将暗器扣在拇指之下弹出。手法精微奥妙，用于弹射暗器时，射程甚远，速度之尽急，力道之强劲，与强弓劲弩一般无二，可用于弹落敌兵器，及弹敌穴道。此招式后为多人所学(杨逍、谢烟客)，但不知如何传出。
玉漏催银剑：剑锋成弧，旁敲侧击，去势似乎不急，但剑尖笼罩之处极广，除非武功高于其对手以兵刃硬接硬架，否则极难闪避。
落英神剑：从落英神剑掌的路子中演化来，虽不若玉箫剑法的精妙，却也是桃花岛的一绝。剑来时青光激荡，剑花点点，便似落英缤纷，四散而下。招式「万紫千红」等。
玉萧剑法：剑招精微奥妙，敌人唯觉周身要害皆被剑尖笼罩。剑式潇洒俊雅，是一路自玉箫中化出的剑法。剑招俊雅花俏，仿佛只求美观，毫无威力的剑舞，实际妙用非凡，仿佛有黏力可以牢牢粘住他人兵器。招式「箫史乘龙、山外清音、金声玉振、凤曲长鸣、响隔楼台、棹歌中流」等。
落英神剑掌：招式「江城飞花、雨急风狂、散花势」。掌法中有神剑两字，乃是从剑法中变化而得。掌来时如落英缤纷，四方八面都是掌影，五虚一实，或八虚一实，如桃林中狂风忽起、万花齐落一般，妙在姿态飘逸，宛若翩翩起舞，而掌凌厉如剑。可与兰花拂穴手、旋风扫叶腿并用。
旋风扫叶腿：有新旧两版。旧版为一足支地一足连环横扫数圈。可与落英神剑掌并用。新版为潜心创出修习下盘的内功秘诀，可以回复行走。这套内功是全部新创，但仍是用上一个旧名。
东风绝技：落英神剑掌与旋风扫叶腿齐施。六掌六脚齐施，六招之下敌人若是不退，接着又是六招，招术愈来愈快，共六六三十六招。
碧海潮生曲：曲子仿真大海浩淼，万里无波，远处潮水缓缓推近，渐近渐快，其后洪涛汹涌，白浪连山，而潮水中鱼跃鲸浮，海面上风啸鸥飞，再加上水妖海怪，群魔弄潮，忽而冰山飘至，忽而热海如沸，极尽变幻之能事，而潮退后水平如镜，海底却又是暗流湍急，于无声处隐伏凶险，更令聆曲者不知不觉而入伏，尤为防不胜防。以内功催动此曲，短时间内可乱人心神。
制药
九花玉露丸：有一股清香沁人心脾。以搜集九种花瓣上清展的露水所制。调配这药丸要凑天时季节，极费功夫，所用药材多属珍异。
无常丹：猩红如血的丹药。天下伤药，只怕无出桃花岛无常丹之右。
田七鲨胆散，等
奇门术数
五行生克、阴阳八卦的变化、五行生克变化，说来似乎玄妙，实则是中国古人精研物性之变，因而悟出来的至理，通阴阳之道，反鬼神之说，中国医学、历数等等，均依此为据，所谓“五运更始，上应天期，阴阳往复，寒暑迎随，真邪相薄，内外分离，六经波荡，五气倾移”。
奇门五转：掌影飘飘，出手快捷无伦。受攻者似一座大山重重压向来，眼前金星乱冒，堪堪抵挡不住。招如其名，是从奇门五术中变化出来的招式。
五行大转：为桃花岛阵图的根基。
二十八宿大阵：黄药师在观察全真教的天罡北斗阵后，潜心苦思，参以古人阵法，创下这二十八宿阵来，有心要与全真教的道士们较个高下。
一百一十三根竹签阵：此阵排列得零零落落，非九宫八卦，梅花五出或梅花桩功夫。
诗词对联
“桃花影落飞神剑，碧海潮生按玉箫”为武功写照。
“魑魅魍魉，四小鬼各自肚肠” 对绝对“琴瑟琵琶，八大王一般头面”，出自黄蓉之口，原为黄药师所对，当时陈玄风、曲灵风、陆乘风、冯默风四弟子随侍在侧，黄药师以此与四弟子开个玩笑。
“乞丐何曾有二妻？邻家焉得许多鸡？ 当时尚有周天子，何事纷纷说魏齐？”这首诗是黄药师所作，他非汤武、薄周孔，对圣贤传下来的言语， 挖空了心思加以驳斥嘲讽，曾作了不少诗词歌赋来讽刺孔孟。
人物评价
倪匡：东邪黄药师是上中人物，洒脱不羁，把普天下都当作脚底下泥，他不喜欢傻小子郭靖，是情理中事。本来，黄药师可算是绝顶人物，但是他迁怒，铜尸铁尸偷了九阴真经，与其他弟子何关？何况真的如此超绝，又何必如此重视九阴真经？难道无所不能的黄老邪，就非靠九阴真经不可？自己不会去创出比九阴真经更高的武功来？至于要在爱妻坟前，焚化九阴真经，那是执着的做作，不是至情至性的表现，所以，连上上人物都不是，只是上中人物。
吴霭仪：他不落俗套，不为世俗思想所规限，他任性痴情而极度浪漫。妻子亡故，他恋恋不忘，十几年中，夜夜在她墓旁吹箫相伴，墓中供着的是他亲笔所绘的小像及最精巧的珍玩，他做了花船，思算携了她的玉棺，月夜出航，让海浪打碎船身，与她一同葬身大海，这是何等痴情，又何等浪漫。而且他的浪漫，不是做梦的少年的浪漫，而是一个懂得爱也懂得欲的成熟男子的浪漫。他的重视真情，一生渴望思念也在所不计。所以，他看见黄蓉深爱郭靖，难舍难分，他便共鸣而发出悲吟：“且乎天地为炉兮，造化为工！阴阳为炭兮，万物为铜！”这样的人自是骄傲的，所以是“东邪”，而黄药师的缺点也太多太多，“伟大”、“英雄”、“完美”的这些字眼不能用到他身上，但这么多才多艺多令人倾心之处的人，有缺点又有什么关系？
影视形象
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